Para cada um dos oito Grupos Temáticos a coordenação do FNT apresenta uma Agenda, que serve de ponto de partida para os debates. Esse relatório traz um breve diagnóstico dos itens em questão e as diretrizes gerais do Governo sobre eles. Cada ponto é exaustivamente discutido e negociado, com o objetivo de se chegar a consenso.
Os resultados dos GTs são encaminhados à Comissão de Sistematização, que também acolhe os subsídios das Conferências Estaduais do Trabalho, da Comissão Nacional de Direito e Relações do Trabalho e de outros atores sociais, convidados a se manifestar sobre a agenda do FNT. Após a reunião de Sistematização os resultados seguem para a Plenária do Fórum, que tem o poder máximo de decisão.
Ao final desse ciclo de atividades, o Ministério do Trabalho e Emprego vai elaborar um Relatório sobre Direito e Relações do Trabalho no Brasil, para a divulgação dos resultados do Fórum Nacional do Trabalho. As conclusões serão enviadas ao Presidente da República, para apreciação e encaminhamento ao Congresso Nacional.