O FNT funcionará em três etapas:
A primeira já está em curso com a negociação das mudanças na legislação sindical e trabalhista entre representantes dos trabalhadores, governo e empregadores.
A Segunda etapa será o encaminhamento da proposta resultante dessa negociação ao Congresso Nacional e o acompanhamento da tramitação e votação na Câmara dos Deputados e no Senado Federal.
A terceira etapa, ocorrerá após a votação das regras gerais no Congresso.
O FNT começará, então, a analisar normas e condições específicas, como as relativas aos servidores públicos, trabalhadores rurais e trabalhadores portuários, entre outras.