De acordo com a Lei do Fundo (Lei nº 8.036, de 11/05/90), o Mistério das Cidades - MC, exerce a função de Gestor da Aplicação do FGTS; cabe-lhe, nessa qualidade, a responsabilidade legal pela seleção e hierarquização dos projetos a serem contratados. Com a reforma administrativa introduzida pela MP 1.795 de 1º/01/99, alterada pela MP. 1.799 de 18/01/99, e Decreto nº 2.982 de 04/03/99, o Gestor da Aplicação do FGTS passou a ser a Secretaria Especial de Desenvolvimento Urbano – Sedu. Atualmente, o Gestor de Aplicação é o Ministério das Cidades, conforme determina a MP. 103, de 30/12/02.