A representação judicial e extrajudicial do FGTS é de responsabilidade da Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional - PGFN, instituição vinculada à Advocacia Geral da União, que também exerce a Consultoria Jurídica do Ministério da Fazenda, bem assim as atribuições de inscrição em dívida ativa e execução dos créditos de natureza fiscal da Fazenda Nacional.
A atribuição de representar o Fundo de Garantia também pode ser exercida pela Caixa Econômica Federal, Agente Operador do Fundo, mediante convênio com a Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional.